【文库】常用分子生物学工具汇总

【文库】常用分子生物学工具汇总

书目资料库管理系统

1、ReferenceManager v11.0

【说明】ReferenceManager是一个专门设计来管理书目参考文献的资料库程序。任何需要收集参考文献做研究之用或需要制作书目的人都可以使用Reference Manager更轻易地管理资料。Reference Manager受到全球学术机构以及商业、研究机构的研究人员、图书馆员和学生广泛地使用。

【功能】

a、快速地从草稿中准备格式化的内文引用文献和参考书目

b、建立并维护部门的研究资料库

c、追踪再版馆藏

d、为研究人员或图书馆赞助者管理新知通报服务

e、从不同的参考文献来源(如:联机、光碟、网际网络资料服务)收集参考文献

f、为学生建立指定阅读清单

g、建立教职员出版品清单

h、编目特殊馆藏

2、Endnote7.0

【说明】Endnote由ThomsonCorporation下属的Thomson ResearchSoft开发,是SCI的官方软件,具备直接连接上千个数据库、边书写论文边插入参考文献、管理数十万条参考文献等的功能。其所占系统资源容量小,基本不会发生因Endnote数据库过大而电脑死机的现象。

【功能】

a、在线搜索文献:直接从网络搜索相关文献并导入到Endnote的文献库内

b、建立文献库和图片库:收藏,管理和搜索个人文献和图片、表格

c、定制文稿:直接在Word中格式化引文和图形,利用文稿模板直接书写合乎杂志社要求的文章。

d、引文编排:可以自动帮助我们编辑参考文献的格式

序列获得和同源性比对

1、NCBI-Genbank

【说明】GenBank是美国国家生物技术信息中心(NCBI)建立的DNA序列数据库,从公共资源中获取序列数据,主要是科研人员直接提供或来源于大规模基因组测序计划( Benson等, 1998)。为保证数据尽可能的完全,GenBank与EMBL(欧洲分子生物学实验室)、DDBJ建立了相互交换数据的合作关系。

【功能】

a、Entrez检索:将核酸、蛋白质序列和基因图谱、蛋白质结构数据库整合在一起。

b、Blast检索:通过已知序列检索其同源序列(序列类型为核酸或核苷酸)。

c、序列分类检索:高通量基因组序列(HTG)、表达序列标记(EST)、序列标记位点(STS)和基因组概览序列(GSS)。序列文件的基本单位是序列条目,包括核甘酸碱基排列顺序和注释两部分。

d、序列条目关键字检索:代码(LOCUS),说明(DEFINITION),编号(ACCESSION),核酸标识符(NID),关键词(KEYWORDS),数据来源(SOURCE),文献(REFERENCE),特性表(FEATURES),碱基组成(BASE COUNT)及碱基排列顺序(ORIGIN)

2、UCSCGenome Browser

【说明】UCSC Genome Browser是由Universityof California Santa Cruz(UCSC)创立和维护的,该站点包含有人类、小鼠和大鼠等多个物种的基因组草图,并提供一系列的网页分析工具。

【功能】

a、站点用户可以通过它可靠和迅速地浏览基因组的任何一部分,并且同时可以得到与该部分有关的基因组注释信息,如已知基因,预测基因,表达序列标签,信使RNA,CpG岛,克隆组装间隙和重叠,染色体带型,小鼠同源性等。

b、用户也可以因为教育或科研目的加上他们自己的注释信息。

c、UCSC Genome Browser目前应用相当广泛,比如Ensembl 就是使用它的人类基因组序列草图为基础的。

3、DNAman

【说明】DNAman,是美国LynnonBiosoft公司开发的高度集成化的分子生物学应用软件。

【功能】几乎可完成所有日常核酸和蛋白质序列分析工作,包括ClustX多重序列比对(可用不同颜色标示出变异位置)、PCR引物设计、限制性酶切分析、蛋白质分析、质粒绘图等。

4、DNAstar-MagAlign

【说明】DNAstar中的简单序列对比工具

【功能】可实现多序列同页面对比,检索缺失部分,SNP需要手动检索

结构与功能分析工具

1、DNAstar-editseq

【说明】简单实用的基因分析基本操作工具

【功能】打开已有序列、寻找ORF、计算碱基数,明确SNV位置,DNA序列翻译,序列反向互补转换,序列输出。

2、DNAstar-MapDraw

【说明】MapDraw工具能使你规划酶切位点和克隆实验,产生详细,充分地结果概括。

【功能】根据实验设计,分析和实验结果的展示需要的不同,MapDraw可以制作6种类的酶切图。从简单的线性图到有注释的环形图,在展示限制性酶切位点的同时,还可以同时展示序列的feature,六个阅读框以及其翻译结果。

3、Primer5

【说明】是一款由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计,评估的软件。

【功能】软件的主要功能分四种,即引物设计、限制性内切酶位点分析、DNA 基元(motif)查找和同源性分析功能。

同类参考:oligo 6,Primer DB(java)。

4、GO

【说明】蛋白功能预测

【功能】信号路通分析

同类参考:Protparam(分析序列的理化性质)、NetNGlyc(糖基化位点预测)、NetPhos(磷酸化位点预测)、Target(信号肽预测)、SignalP4.0(分泌途径预测)、PSORT II Prediction(蛋白质亚细胞定位)、ClustX和MEGA 5.0(进化树构建)

5、Smart

【说明】结构预测

【功能】预测结构域位置,标注其功能、出处和参考文献

同类参考:IBCP(二级结构预测)、PHYRE2(三级结构预测)、TMHMM(跨膜结构预测)

结果分析工具

1、GeneMapper

【说明】GeneMapper是高通量、全自动的DNA片段分析和基因分型软件,功能上相当于GeneScan、Genotyper和Template软件的整合。

【功能】以微卫星(STR)连锁分析为基础的人和小鼠全基因组扫描,以单碱基延伸(微测序)为基础的SNP分析,和以STR遗传分析为基础的人、马、牛、羊亲子鉴定及身份认定。

同类相似:GeneMarker

2、IGV

【说明】Integrative Genomics Viewer(IGV) 是一种探索大型综合基因组数据的高性能交互式可视化工具。它支持各种各样的数据类型,包括基于芯片测序、二代测序数据和基因组注释数据等。

【功能】

a、能在不同尺度下显示单个或多个Reads在参考基因组上的位置,包括Reads在各个染色体上的分布情况和在注释的外显子、内含子、剪接接合区、基因间区的分布情况等

b、能在不同尺度下显示不同区域的Reads丰度,以反映不同区域的转录水平

c、能显示基因及其剪接异构体的注释信息

d、能显示其他注释信息

e、既可以从远程服务器端下载各种注释信息,又可以从本地加载注释信息

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